31639部队的主要驻地包括以下几个地方：
广西金鸡山：
根据2020年8月1日的资料，31639部队驻扎在广西金鸡山上。
那坡县平孟镇：
2021年7月28日的资料显示，慰问组前往那坡县平孟镇31639部队43分队慰问边防官兵。
凭祥市：
2019年12月30日的资料显示，31639部队57分队扎根祖国南疆凭祥。此外，2024年3月28日的资料也提到在东兴市江平镇开展的活动，说明31639部队11分队等驻扎在凭祥市附近。
东兴市江平镇：
2024年3月28日的资料提到在东兴市江平镇万尾村委开展的活动，说明31639部队10分队等驻扎在东兴市江平镇。
峒中镇：
2024年8月2日的资料显示，慰问组前往峒中镇慰问31639部队13分队全体官兵。
综上所述，31639部队的主要驻地包括广西金鸡山、那坡县平孟镇、凭祥市、东兴市江平镇和峒中镇。