民国时期的首都在南京。具体来说：
1912年1月1日，中华民国临时政府在江苏省江宁府城成立，改江宁府为南京市，定为中华民国首都。
1912年4月2日，临时政府北迁北平，称北平，定为首都；裁南京市，称江宁县。
1927年4月18日，国民政府在江宁县成立，改江宁县城区为南京特别市，分出江苏，定为首都。
因此，综合以上信息，可以确定南京在民国时期曾两次被正式定为中华民国的首都。