菩提祖师的去向在《西游记》中并没有明确的答案，但根据剧情和人物性格，可以推测出几种可能的去向：
隐居：
菩提祖师在孙悟空学成离去后，选择了继续隐居。他可能选择了一个深山老林，继续参禅悟道，与天地同呼吸，与万物共命运。这样的境界对于凡夫俗子来说难以企及。
被如来带走：
有观点认为，菩提祖师被如来带走了。因为孙悟空在大闹天宫后，如来发现了孙悟空的七十二变和筋斗云正是同门法术，可能会追寻这个消失已久的仇人。菩提祖师得知孙悟空大闹天宫后，为防止不必要的麻烦，也已经消失得无影无踪。
回到北海：
菩提祖师在孙悟空学筋斗云时曾说：“早辰起自北海，游过东海、西海、南海，复转苍梧”，这可能暗示他回到了他的老家——北海。
飞升天界：
结合剧情和人物性格，可以推测菩提祖师在结束与孙悟空在凡间的最后一丝缘分后，飞升天界。或者他隐居在某个世外桃源继续追求修行的更高境界。
传授给新弟子：
菩提祖师可能并没有一直隐居，他在传授孙悟空法术之后，可能又有了新的传承对象。他或许在游历四方，寻找那些有缘之人，将他的智慧与法术传承下去。
综上所述，菩提祖师的去向有多种可能，包括隐居、被如来带走、回到北海、飞升天界或传授给新弟子。这些说法各有依据，但都无法确定哪一种是最终的答案。