《墨雨云间》的主要人物结局如下：
婉宁公主：
婉宁公主最终选择了李家的公子李谨作为她腹中孩子的父亲，尽管这段婚姻始于无奈，但两人之间的感情纠葛最终让他们选择了接受彼此，携手共度余生。
沈玉容：
沈玉容因嫉妒萧蘅得到薛芳菲的爱而试图杀害他，但最终被薛芳菲制止。在爱恨交织中，他选择了跳下城楼结束自己的生命，结束了他对薛芳菲的爱而不得的痛苦。
丽妃：
丽妃为了掩护皇帝的逃走，牺牲自己以牵制成王，为皇帝争取时间。最终，她不愿成为成王拿捏萧蘅的把柄，毅然决然地撞向刀刃，结束了自己的一生。
萧蘅：
萧蘅在执行任务时对薛芳菲一见钟情，后来与薛芳菲联手击败了成王的阴谋，并最终与她共结连理。
薛芳菲：
薛芳菲在经历了种种磨难之后，最终重回贞女堂，找到了属于自己的平静与归属。她与萧蘅的爱情经历了许多波折，但最终两人走到了一起，并生下了一个女儿。
叶世杰：
叶世杰暗恋姜梨，最终未能赢得她的心，是一个令人惋惜的角色。
姜梨：
姜梨最终嫁给萧蘅，并揭穿了季淑然的真面目，为自己报了仇，生下了一个女儿。
李仲南父子：
因勾结成王谋反，最终被问斩，为自己的野心付出了生命的代价。
陆玑和文纪：
他们跟随萧蘅平定叛军，最终战死沙场。
成王：
成王最终被萧蘅斩杀，他的造反计划一败涂地。
这些角色的命运反映了剧中复杂的感情纠葛与政治博弈，最终多数角色都走向了悲剧的结局。