《还珠格格3》中主要演员的更换原因主要包括以下几点：
演员档期冲突：
在拍摄《还珠格格3》时，原本约定好的演员因为已经接了其他电视剧或电影，无法调整档期参与拍摄。例如，赵薇和林心如当时正在拍摄其他作品，而琼瑶又不愿意等待他们，因此导致了主要演员的大换血。
琼瑶的个人因素：
琼瑶在编写第三部剧本时遇到了一些困难，并且自身经历了一些事情，导致她不再是那个意气风发的少女，而是变成了困在围城的大人，这也影响了第三部人物性格的塑造。
观众对第三部的负面反馈：
第三部剧情被认为不如前两部，特别是知画这一角色让观众非常反感，导致整体口碑不佳。琼瑶后来表示，这是她一生中最后悔的事情之一。
演员个人发展需求：
一些演员在成名后希望尝试不同的角色和风格，例如苏有朋在《还珠格格》后接拍了《倚天屠龙记》，成功转型。赵薇和林心如也希望通过接拍其他大屏幕作品来挑战自己。
综上所述，演员档期冲突、琼瑶的个人因素、观众反馈以及演员个人发展需求等多方面原因共同导致了《还珠格格3》中主要演员的更换。