在电视剧《潜伏》中，穆晚秋的结局如下：
与余则成结为夫妻：
余则成和穆晚秋在经历了一系列的波折后，最终结为夫妻。尽管余则成最初并不爱晚秋，但在晚秋遇到困难时，他帮助并引导她逐渐投身革命事业。
继续潜伏工作：
余则成被命令继续在台湾潜伏，晚秋则以日籍华人的身份被派到他身边，与他组成新的家庭，共同执行地下工作。
革命事业：
晚秋原本是资本家的千金小姐，但因为叔父是汉奸，她的身份变得复杂。在余则成的帮助下，她最终投身革命事业，并在台湾继续为共产党的潜伏工作贡献力量。
结局的暗示：
虽然电视剧结尾处余则成和晚秋似乎走到了一起，但镜头呈现灰色，暗示了余则成最终的命运并不明朗。实际上，余则成的原型吴石将军在潜伏任务中身份暴露后被捕并处决，这一情节在电视剧中也有所暗示。
综上所述，穆晚秋在《潜伏》中的结局是与余则成结为夫妻并继续在台湾执行潜伏任务，她最终投身革命事业，但余则成的结局并不乐观。