在电子书阅读器或相关应用程序中做笔记的方法如下：
使用电子阅读器自带的标注功能
Kindle：在阅读过程中，可直接长按文字进行标注，标注的内容会自动保存到Documents文件夹下的Clippings文件中。可以配合Kindle Mate软件导出TXT格式的笔记内容，方便后续查看和复习。
掌阅iReader：提供丰富的笔记和标记功能，包括高亮、下划线、批注等操作，并支持自定义颜色和样式。笔记会自动与云端同步，方便在不同设备上查看和管理。
文石BOOX：支持手写笔记和文字输入两种方式，具备强大的笔记分类和整理功能，便于用户快速找到所需笔记。
iPad：使用Apple Pencil或手指在文本中进行标注和划线，也可以使用屏幕键盘或外部键盘输入笔记。可以将笔记保存到iCloud或其他云存储服务中，以便在多个设备上访问。
使用第三方笔记应用或软件
敬业签：支持通过文字、图片、录音等多种格式内容做读书笔记。可以创建专门的读书笔记分类，每条笔记中支持编辑文字记录、上传图片、视频、录音等多种格式的文件保存。还支持修改字体颜色、实时统计字数、录音转文字、提取图片中的文字保存等功能，提高做读书笔记的效率。
Obsidian和 思源笔记：这两款软件适合喜欢简洁和高效记录的用户。Obsidian具有Markdown实时预览、丰富的插件扩展和双链系统，有助于链接和组织知识。
使用截图工具
可以将重要页面截图保存，并在图片上添加文字或图标进行标记，以便日后复习和整理。
建议
选择合适的工具：根据个人阅读习惯和需求选择合适的电子阅读器或笔记软件。如果喜欢简洁高效的记录方式，可以考虑使用Obsidian或思源笔记；如果需要多种格式的支持，敬业签可能更适合。
定期整理笔记：定期整理和复习笔记，可以帮助巩固记忆和理解。可以将笔记进行分类，并使用双链功能将新知识与旧知识关联起来。
利用云端同步：确保笔记能够在不同设备上同步，方便随时随地查看和管理。
通过以上方法，可以高效地在电子书阅读器或相关应用程序中做笔记，提升阅读和学习体验。