软件商业模式的保护方式主要有以下几种：
软件著作权
软件可以申请软件著作权保护，但著作权保护有限制，例如，如果他人根据原理独立开发，则不构成侵权。
专利保护
虽然商业模式本身通常不受专利法保护，但可以将商业模式与硬件设备结合，通过申请过程/方法专利来保护其核心思想和实现方法。
商业模式专利申请需要明确商业模式的核心思想和实现方法，并进行专利检索以避免侵权。
申请资料包括说明书、权利要求书、摘要等，并选择合适的申请方式（如线上申请或邮寄申请）及缴纳申请费用。
其他知识产权保护
可以通过商业秘密保护商业模式中的关键技术和方法，但需要注意保密措施。
在某些情况下，可以通过商标、版权或其他知识产权形式来保护商业模式的某些方面。
建议
明确保护目标：首先明确你希望保护的是商业模式的哪一部分，是核心思想、实现方法还是相关技术。
专利检索：在申请专利前，进行全面的专利检索，确保你的商业模式没有已经被他人申请或授权。
选择合适的保护方式：根据保护目标和实际情况，选择软件著作权、专利或其他知识产权保护方式。
准备充分：准备详细的申请资料，并按照规定的流程进行申请。
通过以上步骤，可以有效地保护软件商业模式的创新性和独特性。