苹果手机上实现软件双开的主要缺点包括：
系统限制：
苹果的iOS系统对应用有严格的限制，不允许直接双开应用。用户必须借助第三方工具或特殊方法来实现双开功能。
安全风险：
使用第三方工具或虚拟机实现双开功能可能会涉及到版权问题和安全风险。这些方法可能会修改设备系统或更改设置，对设备造成不可预知的影响，甚至可能导致数据丢失或设备损坏。
复杂性：
设置过程可能较为复杂，需要一定的技术知识。例如，使用虚拟机需要安装额外的软件，并且对设备性能要求较高。
兼容性问题：
并非所有的应用都支持双开功能。某些应用可能会因为安全性问题而限制双开，或者需要特定的设置才能正常工作。
第三方工具的风险：
市面上的第三方工具可能存在安全风险，如泄露个人信息、影响设备性能等。此外，随着iOS系统的不断升级，这些工具可能会失效或被苹果封禁。
法律和合规性问题：
使用非官方的方法双开应用可能违反苹果的使用条款，存在证书被吊销的风险。
设备保修问题：
越狱获取更高权限后实现应用分身可能会使手机失去保修资格，并且可能带来安全隐患。
综上所述，虽然苹果手机上实现软件双开功能的方法多样，但用户在使用这些方法时需要谨慎评估风险，并确保遵守相关法律法规。