查重软件认定抄袭主要通过以下几种方法：
文字重复率检测
查重软件通过将待检测论文与庞大的文献数据库进行比对，计算出文字重复率。不同的机构和期刊对于重复率的容忍度有所不同，例如普通本科院校的毕业论文要求重复率在30%以下，而高水平学术期刊可能要求重复率低于10%甚至更低。
软件能够识别出与已发表文献完全相同的文字部分，以及经过简单改写（如更换同义词、调整句子顺序等）后的相似内容。
直接复制粘贴检测
直接复制粘贴他人论文中的段落、句子或图表等内容，而没有进行任何引用标注，这种情况在查重软件中会呈现出较高的相似度，并且在人工审核时也很容易被发现。
思想观点抄袭检测
如果一篇论文的核心观点与另一篇论文高度相似，且没有自己的创新和发展，也可能被判定为抄袭。
基于内容的相似性算法
现代查重系统主要采用基于内容的相似性算法，通过比较论文中的文本与数据库中的已发表文献进行比对，找出相似或相同的部分。
这些算法通常会根据一些关键因素来判断哪些内容可能被视为抄袭，例如直接复制、引用不当、句子连续出现、内容过于接近等。
AI查重技术
随着AI技术的发展，AI查重检测已经进化到一个新的阶段。先进的AI查重系统不仅能识别文本相似度，还能分析文本的语义相似性。这意味着即使替换了同义词，改变了句子结构，AI也能识别出是否抄袭了原文的核心思想。
AI查重系统通过指纹比对、语义分析和机器学习等技术来提高识别的准确性和效率。
查重系统的敏感度和算法更新
不同的查重系统有不同的敏感度和检测规则。例如，知网具有较高的敏感度和严谨的检测规则，而万方则相对宽松。
查重系统的算法也在不断更新，以提高检测的准确性和效率。例如，知网现在只要6个连续的字符相同即会被判定为抄袭。
引用和参考文献检查
查重系统还会检查论文中的引用和参考文献是否正确标注。如果引用不规范，可能会导致误判为抄袭。
综上所述，查重软件通过多种方法综合判断论文是否存在抄袭行为，包括文字重复率检测、直接复制粘贴检测、思想观点抄袭检测、基于内容的相似性算法、AI查重技术以及引用和参考文献检查等。为了确保论文的原创性和学术价值，建议作者在写作过程中严格遵守学术规范，正确引用他人的研究成果。