软件企业开票做账的步骤如下：
确认发票信息
核实增值税发票、税率和金额是否正确。
确保发票信息完整无误。
录入会计系统
将确认的发票信息录入企业会计软件系统中。
填写正确的会计科目和项目。
会计处理
按照发票所对应的纳税期限进行会计处理，包括记账和核销。
如果是费用报销，则计入当期费用；如果是资产采购，则作为长期投资处理。
税务处理
计算并报告应缴纳的税费，如增值税。
确保获取增值税专用发票，并在申报时正确抵扣进项税额。
账目核对
及时检查发票归集、处理、抵扣等情况是否存在差错。
定期审核记账凭证以确保符合财务规定与标准。
票据管理
包括存档、查验、作废等流程，确保票据管理的合规性。
报表生成
根据记账结果，生成财务报表。
申报与缴税
根据相关税收法规，做好税收登记，并及时进行报税和申报。
注意事项：
要严格按照会计准则进行入账，避免发票打错或会计科目出错。
在发票上标明用途，方便财务管理。
在发票上注明开票日期和纳税期限，方便会计处理。
使用开票系统时，企业需要及时缴纳系统使用费用，并保护好系统账号和密码，防止信息泄露。
通过以上步骤，软件企业可以规范地处理发票付费的会计事务，并确保财务数据的准确性和合规性。