要定制MSI软件包，您可以采取以下几种方法：
使用第三方工具
您可以使用第三方工具来创建和定制MSI文件。例如，您可以使用Advanced Installer或InstallShield AdminStudio5等工具来重新封装exe文件为MSI文件，并进行必要的定制。这些工具通常提供用户友好的界面，允许您指定软件的名称、版本号、公司信息以及输出MSI文件的存放位置等。
利用组策略
您还可以利用组策略（Group Policy）来实现软件的设置、分发、修复、删除和升级等功能。这需要您熟悉Windows Server活动目录的基本管理、理解组策略，并通过AD部署组策略。这种方法适用于需要批量分发和管理的场景。
使用Discover工具
Discover工具可以用于创建MSI文件，它通过捕获安装前后的系统快照来生成差异文件，从而生成MSI包。您可以使用VERITAS Software Console等工具对生成的MSI文件进行进一步的包装和调整。
创建WiX MSI项目
另一种方法是使用WiX Toolset创建MSI项目。WiX是一个用于创建Windows安装程序的工具集，它使用XML文件来定义安装程序。您可以创建一个WiX项目，添加要打包的文件、注册表项和其他资源，然后生成MSI文件。这种方法提供了最大的灵活性，允许您精确控制安装过程。
调用Windows API
如果您有编程能力，可以直接调用Windows API来定制MSI软件包。这通常涉及到使用DLLRunWorkerCompleted、_installerBGWorker.ProgressChanged等API来控制安装过程，以及使用MsiSetExternalUI等方法来定制安装界面。
总结
选择哪种方法取决于您的具体需求，包括您需要的定制程度、技术背景以及可用的工具。对于简单的MSI定制，使用第三方工具或Discover可能就足够了。如果您需要更高级的定制和控制，那么使用WiX Toolset或直接调用Windows API可能更合适。