软件源代码转让的开票方式主要涉及软件著作权转让和软件系统转让两种情况。以下是具体的开票步骤和注意事项：
软件著作权转让
申请软件著作权登记：软件开发者需要在完成软件开发后，向国家版权局或相关机构申请软件著作权登记。
提交发票申请单：在获得软件著作权登记证书后，软件开发者需向客户提交软件著作权发票申请单。
开具发票：客户审核通过后，软件开发公司进行软件著作权发票的开具，需遵循国家有关税收政策，并提供普通发票或专用发票等。
软件系统转让
自主开具：软件系统开发商可以自主开具发票，需包括开票日期、发票代码和号码、销售方和购买方名称、纳税人识别号、地址和电话、开户行及账号、货物或劳务名称、规格型号、数量、单位和单价、税率、税额和价税合计等信息。
税务机关代开：部分地区允许税务机关代开软件系统转让发票，具体流程和所需材料请咨询当地税务机关。
建议
明确转让内容：在开具发票前，需明确软件源代码转让的具体内容，包括转让的范围、期限、费用等。
选择合适的发票类型：根据实际需求和客户要求选择普通发票或专用发票。
遵守税收政策：确保开票过程符合《中华人民共和国增值税暂行条例》等相关税收法规的要求。
保留相关文档：在开票过程中，需保留好所有相关的申请、合同、发票等文档，以备后续查验。
通过以上步骤和建议，可以确保软件源代码转让开票的合规性和准确性。