软件咨询费的税务处理主要包括增值税和个人所得税两个方面。具体计算方式如下：
增值税
一般纳税人：软件咨询费收入适用6%的税率。应纳增值税额 = 咨询服务费收入 × 6%。
小规模纳税人：软件咨询费收入适用3%的税率。应纳增值税额 = 咨询服务费收入 × 3%。
个人所得税
咨询费按照劳务报酬所得计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算方法：
每次劳务报酬收入不足4000元的，应纳税所得额 = 收入 - 800元。
每次劳务报酬收入超过4000元的，应纳税所得额 = 收入 × （1 - 20%）。
应纳个人所得税额的计算公式：
应纳个人所得税税额 = 应纳税所得额 × 20%。
对于一次收入畸高的，超过20000元至50000元的部分，加征五成；超过50000元的部分，加征十成。
建议
企业：在开具软件咨询费发票时，确保按照规定的税率计算税额并填写到发票上，以便客户进行税务申报和缴纳。同时，企业需要按照税务局规定的时间表和程序进行纳税申报，并注意进项税抵扣机制，以减少应缴纳的增值税额。
个人：在提供咨询服务并收取费用时，需要根据具体的收入情况计算应纳税所得额，并按照20%的税率缴纳个人所得税。如果收入较高，可能需要实行加成征收办法，具体税率和速算扣除数应根据相关税法规定进行计算。
请注意，税法规定可能会有变动，建议在实际操作中参考最新的税法规定。