利用软件进行差异分析的方法如下：
使用文本对比工具
Notepad++：通过安装Compare插件，可以方便地比较两个TXT文件的差异。安装完成后，使用“Compare （Alt+D）”功能，比较结果会以不同颜色突出显示，便于查看。
Beyond Compare：支持多种类型文件和文件夹的对比，可以通过拖拽文件或使用右键菜单进行比较，差异部分会用红色标记，并支持实时调整和合并。
WinMerge：免费开源的文件内容差异对比软件，适用于Windows操作系统，通过“文件”>“打开”选择需要对比的文件，然后进行比较。
使用Excel进行差异计算
IF函数：在C3单元格中输入公式`=IF（C3=D3,"相同","有差异"）`，然后使用快捷键Ctrl+，选择两组数据区域，即可将差异数据选中。
EXACT函数：在C3单元格中输入公式`=EXACT（C3,D3）`，输出结果为TRUE的则为相同，FALSE为不同。
条件格式：选择要分析的数据，使用“条件格式”->“色阶”设置颜色方案，直观显示差异。
数据透视表：选中数据后，插入数据透视表，选择“差值从”或“百分比”进行分析，适用于多维度数据分析。
使用专业软件进行差异分析
ProMass：用于比较两个或多个样品之间的差异，支持多种质谱数据格式，提供数据导入、预处理、分类、特征选择、差异分析、质谱峰标注和结果解释等功能。
汉邦高科软件：提供数据导入、筛选、对比设置、差异分析和总结等功能，支持多种报表和图表展示。
使用快捷键进行快速定位
Excel：使用快捷键Ctrl+\选中要对比的数据，或按Ctrl+G快速定位到指定内容区域，方便查看差异。
根据具体需求和数据类型，可以选择合适的工具和方法进行差异分析。对于简单的文本文件对比，可以使用Notepad++或Beyond Compare等文本对比工具；对于复杂的数据分析，可以使用Excel的高级功能如IF函数、条件格式和数据透视表；对于专业的质谱数据分析，则可以考虑使用ProMass等软件。