保护小说软件可以从以下几个方面入手：
版权登记
在国家版权局或其他相关权威机构进行软件著作权注册登记，为软件作品提供法律保障，使其法律效力得到有效维护和延续。
保密措施
在软件开发过程中，采取严密且必要的保密措施限制资源代码及其他重要内容，防止非法复制和滥用。
使用许可协议
通过使用许可协议，明确规定软件的使用权限边界、限制政策和会员权利等重要事项，既可以让用户在合理权限内安心使用软件产品，又能防止未经授权的复制和投放。
版权声明
在软件中包含版权声明，明确标注软件的版权归属和保护信息，从源头上警示大家关注版权纠纷问题。
加密和数字签名
对软件进行加密处理，以防止未经授权的修改和复制。同时，使用数字签名技术，确保软件的完整性和真实性。
监测和维权
定期进行软件侵权监测，及时发现和处理侵权行为。如果发现侵权行为，可以采取法律手段维护自己的权益，包括发出警告函、提起诉讼等。
合理授权
如果希望其他人使用自己的软件，可以通过授权许可协议进行合理授权，明确规定使用条件和权益，确保合法使用和收益分享。
团队管理和保密协议
对于软件开发团队，建立严格的管理制度和保密协议，明确员工的责任和义务，保护软件的知识产权。
法律手段
如果侵权网站不配合，权利人可以委托律师向侵权网站发律师函，向侵权网站提起民事诉讼，要求侵权网站停止侵权并赔偿损失。侵权行为较为严重的，还可以向公安机关报案，追究侵权人的刑事责任。
通过以上措施，可以全方位地保护小说软件的版权，确保创作者的合法权益不受侵犯。