软件企业在纳税时，需要遵循以下步骤和注意事项：
税务登记
软件企业在设立之初，必须进行税务登记，获取纳税人识别号。这是所有企业的义务，通过税务登记，企业可以获得税务局的税号，从而合法地进行纳税申报。
确定纳税人身份
根据企业的年销售额，软件企业可以分为一般纳税人和小规模纳税人。一般纳税人适用13%或6%的税率，小规模纳税人适用3%的简易征收率。企业可以根据自身情况选择合适的纳税人身份。
计算应纳税所得额
企业所得税的计税依据是企业的应纳税所得额，即企业的收入总额减去准予扣除的项目后的余额。企业可以通过研发费用加计扣除等政策来降低应纳税所得额。
增值税申报
增值税是针对企业销售商品或提供劳务所产生的增值部分征收的一种税。软件开发企业的增值税政策相对复杂，主要包括一般纳税人和小规模纳税人，以及软件产品增值税即征即退等。
个人所得税代扣代缴
个人所得税主要针对企业员工的工资薪金所得。企业需要为员工代扣代缴个人所得税，计算方式与其他行业的员工基本相同，但企业可以通过合理的薪酬结构设计来减轻员工的税负。
其他税费
除了上述主要税种外，软件企业还需要缴纳城市维护建设税、教育费附加以及其他可能的税费。这些税费的计算通常基于增值税、消费税和营业税等。
纳税申报与缴纳
企业应在每个季度结束后15日内预缴企业所得税，年度结束后5个月内进行年度汇算清缴。企业还需按时申报并缴纳增值税、个人所得税及其他税费，以避免滞纳金和罚款。
合理利用税收优惠政策
软件企业可以通过申请高新技术企业资格、研发费用加计扣除、享受增值税即征即退等政策来降低税负。企业需要了解并合理利用这些政策，以最大化税收优惠。
建立完善的财务会计制度
软件公司需建立健全的财务会计制度，确保所有经济活动都有相应的会计记录。月度或季度，公司需编制财务报表，包括资产负债表、利润表和现金流量表，为纳税申报提供依据。
关注税收政策变动
企业须关注政府发布的税收政策变动，及时调整会计处理方式，如近期的高新技术企业税收优惠政策，可能影响企业的税负。
通过以上步骤和注意事项，软件企业可以确保合规纳税，降低税务风险，并充分利用税收优惠政策来优化税负。