申请软件退税的流程如下：
项目准备阶段
确保企业具备从事软件产品开发和销售的资质，这通常需要提供企业认定证书。
取得软件产业主管部门颁发的《软件产品登记证书》或著作权行政管理部门颁发的《计算机软件著作权登记证书》，以证明软件产品的合法性及知识产权归属。
部分地区还要求提供软件检测机构出具的软件产品检测报告，以证明软件产品的质量与技术先进性。
规划阶段
在电子税务局提交项目备案申请，并在线下提交详细资料，包括项目商业计划书、技术研发文档、团队架构明细等。
梳理规范合同与发票，确保每笔收支清晰可溯、合法合规，并进行清晰的成本核算，为后续退税、奖励核算提供精准数据支撑。
个别地区税务专管员会实地走访企业，核查项目实际运营情况，企业需提前做好办公场地、项目演示等接待准备。
申报阶段
在规定的申报窗口期（如每月15号至30号），将所需详细资料提交至税务局。
填写软件产品增值税即征即退申报表和软件产品销售明细表等申报表格，确保数据真实可靠。
提交申报后，实时关注审核进度，如有需要补充资料的情况，及时响应。
审核与退税阶段
税务机关在收到申报材料后，会进行严格审核，包括销售额核查、进项税额核查以及应退税款核查等方面。
审核通过后，税务机关会依照政策规定将应退税款退还给企业，企业应及时核对退税金额，若有异议可与税务机关及时沟通解决。
后续管理与核查
退税5年内，税局会对企业进行抽查，企业需规划整理合法合规的备查资料，确保能够有效应对。
注意事项：
确保所有提交的材料真实、完整、准确。
在整个流程中，与税务机关保持沟通，及时了解审核进度和退税情况。
遵守各地区的具体政策和要求，因为不同地区可能有不同的操作流程和所需材料。
建议企业提前了解并熟悉当地税务机关的具体要求和流程，确保退税申请的顺利进行。